Os estudos desenvolvidos no âmbito da Proteómica têm como principal missão implementar uma plataforma de I&D inovadora destinada à investigação, diagnóstico/prognóstico e monitorização de doenças infecciosas e crónico-degenerativas.
Actualmente desenvolve-se investigação na área das doenças pulmonares crónicas (fibrose quística, asma e doença pulmonar obstrutiva crónica (DPOC) e cancro (pulmão e fígado) para melhor compreender estas doenças, assim como identificar e validar novos biomarcadores de doença e/ou como alvos terapêuticos. O objectivo último é desenvolver e oferecer à comunidade médica e científica novos instrumentos pré-clínicos e/ou clínicos de diagnóstico/prognóstico/monitorização, contribuindo para uma biomedicina baseada na evidencia e mais aplicada as necessidades do paciente como indivíduo.
O Departamento presta ainda serviços e/ou apoios no âmbito de colaborações à comunidade científica em geral e tem contribuído activamente para o desenvolvimento da proteómica em Portugal, através da promoção/realização de cursos de formação, estágios, conferências e participação em redes científicas afins.